Fue uno de los puertos más importantes en la época de la emancipación española y uno de los puertos de salida de la “Flota de las Indias”.
Debido a que ese puerto acumulaba gran cantidad de mercancía y riquezas minerales esta bahía fue fortificada a pesar de eso fue victima de varios intentos de saqueo que algunas veces resultaron exitosos de la mano de los piratas, de hecho se dice que el cuerpo del famoso pirata Francis Drake yace enterrado en alguna parte de la Bahía luego de fallecer a causa de la temida fiebre amarilla.
En 1980 estas fortificaciones fueron nombradas Patrimonio Mundial de la humanidad por la UNESCO junto con el Fuerte de San Lorenzo, lo que la hace una parada obligada en las visitas por placer a panamá , hoy Portobelo es un pequeño pueblo de 2820 habitantes, sin embargo es un sitio turístico de gran importancia para la República de Panamá.

El turista confesó lo que hizo y manifestó su arrepentimiento en una carta pública:

